Az évek folyamán a szerves anyagok bomlásának következtében egyre több iszap rakódik le a tó aljában. Ha az iszapréteg eléri a 8-10 cm-es vastagságot, időszerű a tó teljes vízcseréje és tisztítása. Ha más nem indokolja a teljes tisztítást, (l: erős mérgezés, fertőzés) ennél gyakrabban ne tisztítsuk a tavat. Minden ilyen alkalommal az élővilág egy része elpusztul, az egyensúly felborul bármennyire is körültekintőek vagyunk. Ha rendszeresen karbantartjuk a tavat 4-6 évente elegendő a tisztítást elvégezni. Ha mégis szükséges a tisztítást végrehajtanunk, az időpont jól válasszuk ki. A nyár végi időpont a legmegfelelőbb, mert a kishalak már elég erősek és a növényeknek is lesz elég idejük megerősödni a tél kezdetére. A víz is elég meleg még, így a munkánk is kényelmesebb lesz. Semmiképpen ne egy forró napot válasszunk, minden munkafázist jól gondoljunk át: a halaknak átmeneti tárolót kell építeni és a régi vízzel feltölteni levegőztető is kell a vízinövényeket is fajtájuktól függően kell elhelyeznünk a víz alatti növényeket, hínárokat víz alatt kell tartanunk a többi vízi növényt folyamatosan locsolgassuk, árnyékos helyre rakjuk őket a régi tó vizéből - ha egészséges - minél többet tároljunk el készítsük elő a megfelelő szerszámokat háló a halak kifogására lapát és vödör az iszap kiszedéséhez kefe a medence tisztításához A tó tisztítása megfelelő alkalmat biztosít a növények átültetésére, a tőosztásokra, esetleg a teljes növényültetés átszervezésére. Ehhez is készüljünk fel, edényekkel, földdel, szerszámokkal stb. Ideális alkalom a tisztítás a tó szerkezeti karbantartására, új elemek beépítésére. Gondosan ellenőrizzünk végig mindent, mert egy jó ideig ilyen jó alkalmunk nem lesz erre: betonmedence esetén könnyen javíthatjuk a beton repedéseit fóliamedencénél is javíthatóak az esetleges sérülések, ill. az elgyengült részeket erősítsük meg. a szökőkutak tartószerkezeteit is ellenőrizhetjük, javíthatjuk ha víz alatti világítás van, ehhez is most könnyen hozzáférhetünk a biológiai szűrő és az automata utántöltő be és kiömlő nyílásait ellenőrizzük minden olyan munkát végezzünk el, amire feltöltött medencénél körülményes lenne Ne lepődjünk meg, ha tisztítás után a víz kissé zavaros lesz. Szükség lesz néhány napra, hétre, míg a víz letisztul, az egyensúly ismét helyre áll.